สำนักงานเลขาธิการสภาการศึกษา ดำเนินการประเมินองค์กรคุณธรรม เพื่อเป็นกลไกในการมีส่วนร่วมขับเคลื่อนแผนปฏิบัติการด้านการส่งเสริมคุณธรรมแห่งชาติ ระยะที่ ๒ (พ.ศ. ๒๕๖๖ - ๒๕๗๐) ซึ่งมีเป้าหมายให้คนไทยมีพฤติกรรมที่สะท้อนการมีคุณธรรมเพิ่มขึ้น มุ่งสู่สังคมคุณธรรมที่คนไทยอยู่ร่วมกันด้วยความสมานฉันท์ ภายใต้หลักธรรมทางศาสนา หลักปรัชญาของเศรษฐกิจพอเพียง วิถีวัฒนธรรมไทยที่ดีงาม และประเทศไทยปลอดทุจริต และประพฤติมิชอบ ทั้งนี้ มีสำนัก/กลุ่มจำนวน ๑๔ สำนัก/กลุ่ม เข้าร่วมการประเมินองค์กรคุณธรรม และระดับขององค์กรคุณธรรมในภาพรวมอยู่ในระดับที่ ๓ องค์กรคุณธรรมต้นแบบ

 สำนักอำนวยการ
 สำนักนโยบายและแผนการศึกษา
 สำนักประเมินผลการจัดการศึกษา
 สำนักพัฒนากฎหมายการศึกษา
 สำนักมาตรฐานการศึกษาและพัฒนาการเรียนรู้
 สำนักวิจัยและพัฒนาการศึกษา
 กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร
 กลุ่มตรวจสอบภายใน
 สำนักนโยบายความร่วมมือกับต่างประเทศ
 สำนักสื่อสารองค์กร
 สำนักนโยบายการพัฒนาเด็กปฐมวัย
 สำนักเทคโนโลยีดิจิทัลเพื่อการศึกษา
 กลุ่มงานจริยธรรม
 สำนักกรอบคุณวุฒิแห่งชาติ